Подскажите пожалуйста какой проводкой в з/пл списать сумму не выплаченной з/пл умершего 3 года назад сотрудника? Заранее благодарна.

Вам надо внести новое удержание в "Справочник удержаний". Назвать его, например, "Невыплаченная зарплата", проводка: дебет 70 кредит 91 «Прочие доходы и расходы» субсчёт 1 «Прочие доходы». Провести у сотрудника в расчете сумму невыданной заработной платы, чтобы сальдо закрылось.