в штатном расписании в определенных должностях в разделе условия труда "дни доп.отпуска с ненормированным рабочим днем" добавляю количество "3", а в лицевой карточке работника в разделе отпуска не добавляются эти дополнительные дни. У двух работников добавились эти дни, у остальных нет, в чем причина?

скорее всего, у этого сотрудника выбрана не та должность. Возможно, название одинаковое, но она в архиве. Это видно в штатной расстановке. Вы можете в лицевой карточке сотрудника указать 3 дополнительных дня, или позвонить